Universitas Islam Negeri K.H. Abdurrahman Wahid Pekalongan menyelenggarakan pendidikan pada jenjang pendidikan Sarjana (S1), jenjang pendidikan Magister (S2) dan sedang segera dibuka jenjang pendidikan Doktor (S3).
Fakultas
Syariah
Program Studi Hukum Keluarga Islam (akreditasi A)
Program Studi Hukum Ekonomi Syariah (akreditasi B)
Program Studi Tatanegara (akreditasi B)
Fakultas
Tarbiyah dan Ilmu Keguruan
Program Studi Pendidikan Agama Islam (Terakreditasi Unggul)
Program Studi Pendidikan Bahasa Arab (Terakreditasi Unggul)
Program Studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (Terakreditasi Unggul)
Program Studi Pendidikan Anak Usia Dini (Terakreditasi Unggul)
Program Studi Tadris Bahasa Inggris (Terakreditasi B)
Program Studi Tadris Matematika (Terakreditasi B)
Program Studi Tadris Bahasa Indonesia
Program Profesi Guru
Fakultas
Ushuluddin, Adab dan Dakwah
Program Studi Ilmu Hadis (Terakreditasi B)
Program Studi Ilmu Al Qur’an dan Tafsir (Terakreditasi A)
Program Studi Tasawuf dan Psikoterapi (Terakreditasi B)
Program Studi Bimbingan Penyuluhan Islam (Terakreditasi A)
Program Studi Komunikasi dan Penyiaran Islam (Terakreditasi B)
