Universitas Islam Negeri K.H. Abdurrahman Wahid Pekalongan menyelenggarakan pendidikan pada jenjang pendidikan Sarjana (S1), jenjang pendidikan Magister (S2) dan sedang segera dibuka jenjang pendidikan Doktor (S3).
Fakultas
Syariah
Program Studi Hukum Keluarga Islam (Terakreditasi Unggul)
Program Studi Hukum Ekonomi Syariah (Terakreditasi Baik Sekali)
Program Studi Tatanegara (Terakreditasi Baik Sekali)
Program Studi Hukum Bisnis (Terakreditasi Sementara)
Fakultas
Tarbiyah dan Ilmu Keguruan
Program Studi Pendidikan Agama Islam (Terakreditasi Unggul)
Program Studi Pendidikan Bahasa Arab (Terakreditasi Unggul)
Program Studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (Terakreditasi Unggul)
Program Studi Pendidikan Anak Usia Dini (Terakreditasi Unggul)
Program Studi Tadris Bahasa Inggris (Terakreditasi Unggul)
Program Studi Tadris Matematika (Terakreditasi Baik Sekali)
Program Studi Tadris Bahasa Indonesia (Terakreditasi Baik Sekali)
Fakultas
Ushuluddin, Adab dan Dakwah
Program Studi Ilmu Hadis (Terakreditasi Unggul)
Program Studi Ilmu Al Qur’an dan Tafsir (Terakreditasi Unggul)
Program Studi Tasawuf dan Psikoterapi (Terakreditasi Unggul)
Program Studi Bimbingan Penyuluhan Islam (Terakreditasi Unggul)
Program Studi Komunikasi dan Penyiaran Islam (Terakreditasi B)
Program Studi Manajemen Dakwah (Terakreditasi Baik Sekali)
Fakultas
Ekonomi dan Bisnis Islam
Program Studi Ekonomi Syariah (Terakreditasi Baik Sekali)
Program Studi Akuntansi Syariah (Terakreditasi Baik Sekali)
Program Studi Perbankan Syariah (Terakreditasi Unggul)
Program Studi Bisnis Digital (Terakreditasi Baik)
Fakultas
Sains dan Teknologi
Program Studi Sains Data (Terakreditasi Baik)
Program Studi Informatika (Terakreditasi Baik)
Program Studi Teknik Industri (Terakreditasi Pertama)